Toisin kuin tutussa tilanteessa, jossa henkilö esimerkiksi käyttää Wordia omalla kannettavalla tietokoneellaan, supertietokone voi palvella satoja tai jopa tuhansia käyttäjiä (esimerkiksi CSC:llä on tällä hetkellä yli kaksi tuhatta käyttäjää), jotka muodostavat yhteyden järjestelmään Internetin kautta. Lisäksi useimmat kannettavien tietokoneiden käyttäjät käyttävät graafista käyttöliittymää (eli käynnistävät sovelluksia napsauttamalla kuvakkeita hiirellä ja niin edelleen), kun taas supertietokoneita käytetään yleisimmin komentorivin kautta. Kuvakkeiden ja valikoiden käytön sijaan komennot siis kirjoitetaan näppäimistöllä.
Vaikka komentorivikäyttöliittymä saattaa aluksi tuntua vaikeaselkoiselta niille, jotka ovat käyttäneet vain graafisia työpöytäsovelluksia, se on itse asiassa erittäin tehokas ja joustava tapa käyttää tietokonetta. Supertietokoneethan ovat tavallaan verrattavissa tavallisiin tietokoneisiin samalla tavalla kuin Formula 1 -autoa verrattaisiin tavalliseen henkilöautoon. Suuri teho ja sen hyödyntämiseen liittyvät tekijät saattavat lisätä käytön vaikeutta. Vaikka vain harvoilla ihmisillä on mahdollisuus edes yrittää ajaa Formula 1 -autoa, kuka tahansa voi oppia supertietokoneiden ja komentorivin käytön perusteet yhdessä päivässä.
Supertietokoneiden käytöstä ei ole tarkoituksella tehty tavallisia tietokoneita haastavampaa, ja superlaskentakeskukset etsivät jatkuvasti tapoja käytön helpottamiseksi entisestään. Nykyään eräät laskentakeskukset tarjoavat myös verkkoselainpohjaisia ratkaisuja, minkä ansiosta käyttäjät voivat käyttää supertietokoneita graafisemmalla käyttöliittymällä verkkoselaimen (Firefox, Chrome, Safari, Edge ym.) kautta omalla kannettavalla tietokoneellaan tai pöytäkoneellaan.
Koska supertietokoneella voi olla tuhansia käyttäjiä, resursseja (esimerkiksi suorittimia, grafiikkasuorittimia ja muistia) ei välttämättä ole riittävästi, jotta kaikki voisivat suorittaa työnsä samanaikaisesti. Tämän takia käyttäjät eivät yleensä voi suorittaa vaativia laskentatehtäviä interaktiivisesti aina niin halutessaan, vaan heidän on lähetettävä työnsä jono- tai eräajojärjestelmän kautta. Eräajojärjestelmä huolehtii sen jälkeen resurssien jakamisesta tiettyjen kriteerien mukaisesti. Jos supertietokoneella on riittävästi vapaita resursseja, työ voidaan aloittaa välittömästi, mutta muussa tapauksessa laskennan käynnistyminen voi kestää tunteja tai jopa päiviä.
Eräajojärjestelmällä varmistetaan myös se, että yksittäiset käyttäjät eivät voi monopolisoida järjestelmää, koska käyttäjän kerrallaan käyttämille resursseille on yleensä olemassa rajoituksia. Eräajojärjestelmät tehostavat supertietokoneiden käyttöä. Pelkässä interaktiivisessa käytössä kuormitus keskittyisi pääosin normaaliin työaikaan, mutta eräjärjestelmän avulla töitä voidaan ajaa supertietokoneilla kaikkina vuorokauden aikoina vuoden ympäri.
Eräajojärjestelmää käyttäessään käyttäjä määrittelee eräajoskriptiksi kutsutussa tiedostossa suoritettavan tiedoston (executable) sekä sen, kuinka monta solmua, ydintä ja mahdollisesti grafiikkasuoritinta tarvitaan, kuinka paljon muistia käytetään ja kuinka paljon työlle varataan aikaa ja niin edelleen. Eräajojärjestelmä määrittää sitten monimutkaisen algoritmin avulla, milloin ja missä solmujen osajoukossa työ suoritetaan. Yleensä mitä enemmän solmuja ja muita resursseja ja/tai aikaa työ tarvitsee, sitä pidempi jonotusaika on.
Linkki valinnaiseen aineistoon (ei sisälly kokeeseen): Komentorivin käyttäminen CSC:n supertietokoneissa
Useimmissa laskentakeskuksissa eri puolilla maailmaa on samankaltaiset käytännöt supertietokoneiden käytön suhteen. Suurteholaskentakeskukset saavat yleensä kansallista julkista rahoitusta, ja supertietokoneiden isäntämaissa akateemista tutkimusta tekevät henkilöt voivat käyttää resursseja ilmaiseksi. CSC tarjoaa esimerkiksi ilmaisen käytön tutkimusta varten tutkijoille ja joskus myös opiskelijoille, jotka työskentelevät tai opiskelevat suomalaisissa korkeakouluissa (yliopistoissa tai ammattikorkeakouluissa) tai valtion tutkimuslaitoksissa, kunhan tulokset ovat julkisesti saatavilla. Supertietokoneresursseja on tavallisesti saatavilla myös kaupalliseen käyttöön, mutta se laskutetaan yleensä erikseen.
Monet superlaskentakeskukset osallistuvat kansainvälisiin hankkeisiin, joissa myös isäntämaan ulkopuolisille käyttäjille tarjotaan supertietokoneen resursseja käyttöön hakemusten perusteella. Hakemukset arvioidaan tavallisesti tieteellisin perustein.
LUMI-supertietokonetta rahoittaa kymmenen Euroopan maan konsortio (Suomi, Belgia, Tšekki, Tanska, Viro, Islanti, Norja, Puola, Ruotsi ja Sveitsi) ja Euroopan unioni. Puolet LUMI-supertietokoneen resursseista kohdennetaan konsortion jäsenille, ja loput ovat saatavilla myös konsortion ulkopuolisille tutkijoille ja toimijoille erityisen hakuprosessin kautta.