Henkilökohtaiset tietokoneet ovat yleiskäyttöön tarkoitettuja yhden käyttäjän laitteita. Vaikka nykyaikaisen henkilökohtaisen tietokoneen suorituskyky voi olla vanhojen supertietokoneiden tehoa suurempi, ne eivät pyri maksimoimaan suorituskykyä, vaan käyttöjärjestelmä on suunniteltu ensisijaisesti ohjelmistojen yhteensopivuutta, käytettävyyttä, viihteellisyyttä, toimistotyökäyttöä, liikkuvuutta ja muita vastaavia ominaisuuksia silmällä pitäen. Vuonna 2021 noin 80 %:ssa henkilökohtaisista tietokoneista oli käytössä Microsoftin Windows ja noin 10 %:ssa Applen kehittämä macOS-käyttöjärjestelmä. Lopuissa oli Googlen Chrome OS-käyttöjärjestelmä tai jokin Linux- tai Unix-versio.
Supertietokoneet taas keskittyvät intensiiviseen numeronmurskaukseen pääasiassa tieteellisiin tarkoituksiin ja suurelle käyttäjämäärälle. Kaikissa TOP500-listan supertietokoneissa on ollut käytössä Linux jo muutaman vuoden ajan.
Supertietokoneita ajatellen Linuxilla on monia etuja muihin käyttöjärjestelmiin verrattuna. Windows- ja macOS-käyttöjärjestelmistä poiketen Linux on modulaarinen ja rakennettu perusjärjestelmän ja ajurit sisältäv��n ytimen ympärille. Koska Linux perustuu avoimeen lähdekoodiin, käyttöjärjestelmää voidaan mukauttaa erityisen korkeaa suorituskykyä vaativiin tarkoituksiin. Kaikki tarpeettomat komponentit voidaan poistaa ja luoda kevytversio, joka sisältää vain olennaisen toiminnallisuuden. Massiivisessa rinnakkaislaskennassa (käytettäessä kymmeniä, satoja tai tuhansia suoritinytimiä) pienikin ylimääräinen toiminto käyttöjärjestelmässä voi rajoittaa suorituskykyä. Valmistajien omien käyttöjärjestelmien käyttöoikeusmaksut perustuvat yleensä suorittimien määrään, ja supertietokoneissa niitä on paljon. Linux on pääosin ilmainen, mikä mahdollistaa huomattavat säästöt ohjelmistokustannuksissa.